2006年のプロ野球ドラフト会議で横浜ベイスターズ（DeNA）が指名した選手、全8名の一覧です。1位は高崎健太郎（投手・日産自動車）。
◆ 高校生ドラフト
| 順位 | 選手名 | 守備 | 出身 | 狀況 |
|---|---|---|---|---|
| 1巡目 | 北篤 | 投手 | 小松工業高 | 入団 |
| 3巡目 | 梶谷隆幸 | 内野手 | 開星高 | 入団 |
| 4巡目 | 高森勇気 | 捕手 | 中京高 | 入団 |
◆ 大学生・社会人ドラフト
| 順位 | 選手名 | 守備 | 出身 | 狀況 |
|---|---|---|---|---|
| 希望入団枠 | 高崎健太郎 | 投手 | 日産自動車 | 入団 |
| 3巡目 | 木村雄太 | 投手 | 東京ガス | 拒否 |
| 4巡目 | 下園辰哉 | 外野手 | 九州国際大学 | 入団 |
| 5巡目 | 下窪陽介 | 外野手 | 日本通運 | 入団 |
| 6巡目 | 吉原道臣 | 投手 | ホンダ | 入団 |
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