2006年のプロ野球ドラフト会議で東京ヤクルトスワローズ（ヤクルト）が指名した選手、全7名の一覧です。1位は高市俊（投手・青山学院大学）。
◆ 高校生ドラフト
| 順位 | 選手名 | 守備 | 出身 | 狀況 |
|---|---|---|---|---|
| 1巡目 | 増渕竜義 | 投手 | 鷲宮高 | 入団 |
| 3巡目 | 上田剛史 | 外野手 | 関西高 | 入団 |
| 4巡目 | 山田弘喜 | 投手 | 城東工業高 | 入団 |
◆ 大学生・社会人ドラフト
| 順位 | 選手名 | 守備 | 出身 | 狀況 |
|---|---|---|---|---|
| 希望入団枠 | 高市俊 | 投手 | 青山学院大学 | 入団 |
| 3巡目 | 西崎聡 | 投手 | JR北海道 | 入団 |
| 4巡目 | 衣川篤史 | 捕手 | 住友金属鹿島 | 入団 |
◆ 育成ドラフト
| 順位 | 選手名 | 守備 | 出身 | 狀況 |
|---|---|---|---|---|
| 1巡目 | 伊藤秀範 | 投手 | 香川オリーブガイナーズ | 入団 |
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