2006年のプロ野球ドラフト会議で北海道日本ハムファイターズ（日本ハム）が指名した選手、全10名の一覧です。1位は宮本賢（投手・早稲田大学）。
◆ 高校生ドラフト
| 順位 | 選手名 | 守備 | 出身 | 狀況 |
|---|---|---|---|---|
| 1巡目 | 吉川光夫 | 投手 | 広陵高 | 入団 |
| 3巡目 | 植村祐介 | 投手 | 北照高 | 入団 |
| 4巡目 | ダース・ローマシュ匡 | 投手 | 関西高 | 入団 |
◆ 大学生・社会人ドラフト
| 順位 | 選手名 | 守備 | 出身 | 狀況 |
|---|---|---|---|---|
| 希望入団枠 | 宮本賢 | 投手 | 早稲田大学 | 入団 |
| 3巡目 | 糸数敬作 | 投手 | 亜細亜大学 | 入団 |
| 4巡目 | 長野久義 | 外野手 | 日本大学 | 拒否 |
| 5巡目 | 山本一徳 | 投手 | 早稲田大学 | 入団 |
| 6巡目 | 金子洋平 | 外野手 | ホンダ | 入団 |
| 7巡目 | 今浪隆博 | 外野手 | 明治大学 | 入団 |
| 8巡目 | 内山雄介 | 投手 | 旭川大学 | 入団 |
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