2006年のプロ野球ドラフト会議で読売ジャイアンツ（巨人）が指名した選手、全16名の一覧です。1位は金刃憲人（投手・立命館大学）。
◆ 高校生ドラフト
| 順位 | 選手名 | 守備 | 出身 | 狀況 |
|---|---|---|---|---|
| 1巡目 | 坂本勇人 | 内野手 | 光星学院高 | 入団 |
| 3巡目 | 田中大二郎 | 内野手 | 東海大学付属相模高 | 入団 |
| 4巡目 | 伊集院峰弘 | 捕手 | 鹿児島実業高 | 入団 |
◆ 大学生・社会人ドラフト
| 順位 | 選手名 | 守備 | 出身 | 狀況 |
|---|---|---|---|---|
| 希望入団枠 | 金刃憲人 | 投手 | 立命館大学 | 入団 |
| 3巡目 | 上野貴久 | 投手 | NTT東日本 | 入団 |
| 4巡目 | 円谷英俊 | 内野手 | 青山学院大学 | 入団 |
| 5巡目 | 深沢和帆 | 投手 | 香川オリーブガイナーズ | 入団 |
| 6巡目 | 寺内崇幸 | 内野手 | JR東日本 | 入団 |
| 7巡目 | 深町亮介 | 投手 | 中京大学 | 入団 |
◆ 育成ドラフト
| 順位 | 選手名 | 守備 | 出身 | 狀況 |
|---|---|---|---|---|
| 1巡目 | 鈴木誠 | 投手 | JR東日本 | 入団 |
| 2巡目 | 下山学 | 外野手 | 青森大学 | 入団 |
| 3巡目 | 松本哲也 | 外野手 | 専修大学 | 入団 |
| 4巡目 | 隠善智也 | 外野手 | 広島国際学院大学 | 入団 |
| 5巡目 | 芦沢明 | 内野手 | 元シダックス | 入団 |
| 6巡目 | 作田啓一 | 外野手 | 苫小牧駒澤大学 | 入団 |
| 7巡目 | 大抜亮祐 | 投手 | 中京高 | 入団 |
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