1999年のプロ野球ドラフト会議でヤクルトスワローズ（ヤクルト）が指名した選手、全6名の一覧です。1位は野口祥順（内野手・藤代高）。
| 順位 | 選手名 | 守備 | 出身 | 狀況 |
|---|---|---|---|---|
| 1位 | 野口祥順 | 内野手 | 藤代高 | 入団 |
| 2位 | 藤井秀悟 | 投手 | 早稲田大学 | 入団 |
| 3位 | 米野智人 | 捕手 | 北照高 | 入団 |
| 4位 | 細見直樹 | 捕手 | 比叡山高 | 入団 |
| 5位 | 花田真人 | 投手 | 中央大学 | 入団 |
| 6位 | 本間忠 | 投手 | 野田サンダーズ | 入団 |
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