2016年のプロ野球ドラフト会議で北海道日本ハムファイターズ（日本ハム）が指名した選手、全9名の一覧です。1位は堀瑞輝（投手・広島新庄高）。
| 順位 | 選手名 | 守備 | 出身 | 狀況 |
|---|---|---|---|---|
| 1位 | 堀瑞輝 | 投手 | 広島新庄高 | 入団 |
| 2位 | 石井一成 | 内野手 | 早稲田大学 | 入団 |
| 3位 | 高良一輝 | 投手 | 九州産業大学 | 入団 |
| 4位 | 森山恵佑 | 外野手 | 専修大学 | 入団 |
| 5位 | 高山優希 | 投手 | 大阪桐蔭高 | 入団 |
| 6位 | 山口裕次郎 | 投手 | 履正社高 | 拒否 |
| 7位 | 郡拓也 | 捕手 | 帝京高 | 入団 |
| 8位 | 玉井大翔 | 投手 | 新日鐵住金かずさマジック | 入団 |
| 9位 | 今井順之助 | 内野手 | 中京高 | 入団 |
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