2003年のプロ野球ドラフト会議で横浜ベイスターズ（DeNA）が指名した選手、全4名の一覧です。1位は吉川輝昭（投手・日本文理大学）。
| 順位 | 選手名 | 守備 | 出身 | 狀況 |
|---|---|---|---|---|
| 自由獲得枠 | 吉川輝昭 | 投手 | 日本文理大学 | 入団 |
| 自由獲得枠 | 森大輔 | 投手 | 三菱ふそう川崎 | 入団 |
| 4巡目 | 牛田成樹 | 投手 | 明治大学 | 入団 |
| 5巡目 | 呉本成徳 | 内野手 | 明治大学 | 入団 |
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